Bonifacio sinh ngày 30 tháng 11 năm 1863 tại Santiago Bonifacio và Catalina de Castro ở Tondo, Manila và là con cả trong năm người con. Cha ông là một thợ may người phục vụ như là một tenyente mayor của Tondo, Manila, trong khi mẹ của ông là một người lai (cha là người Tây Ban Nha và mẹ là người Philipine-Hoa), họ đã làm việc tại một nhà máy sản xuất thuốc lá. Theo tập quán, sau khi rửa tội, ông đã được đặt tên theo tên vị thánh có lễ ông được sinh ra, Thánh Anrê.